Le , Tokyo est détruit.
Trente-et-un ans plus tard, après la Troisième Guerre mondiale, en 2019, Neo-Tokyo est une mégalopole corrompue et sillonnée par des bandes de jeunes motards désœuvrés et drogués. Une nuit, l'un d'eux, Tetsuo, a un accident en essayant d'éviter ce qui semble être d'abord un jeune garçon mais qui a un visage de vieillard. Il est capturé par l'armée et fait l'objet de nombreux tests dans le cadre d'un projet militaire secret visant à repérer et à former des êtres possédant des prédispositions à des pouvoirs psychiques (télépathie, téléportation, télékinésie…).
Tetsuo finit par s'enfuir. Mais lorsque ses amis, dont leur chef Kaneda, le découvrent, il est devenu violent et imprévisible.
En parallèle, se nouent des intrigues politiques. Dans la rue et dans les alcôves du pouvoir, le nom d'Akira circule. Sauveur messianique pour certains groupes religieux, il est de toute évidence lié au projet militaire auquel Tetsuo a été mêlé malgré lui. L'armée essaye par tous les moyens de continuer le projet en espérant percer le secret de la puissance d'Akira et de la maîtriser pour s'en servir par la suite. De leur côté, les politiques ne voient pas l'intérêt de continuer à allouer du budget à un projet de plus de trente ans qui n'a jamais rien rapporté. Enfin, un mouvement révolutionnaire veut renverser le pouvoir en utilisant le phénomène Akira à des fins politiques.
Tetsuo gagne peu à peu en puissance, et lorsqu'il apprend qu'Akira aurait un pouvoir plus grand que lui et qu'il pourrait être responsable de ses maux de tête, il décide d'aller le trouver. Il passe sans difficulté les barrages mis en place par l'armée pour l'en empêcher, et finit par découvrir Akira, un ensemble d'organes disparates disposés dans différents tubes transparents.
Hors du laboratoire, Tetsuo n'a plus accès aux médicaments qui lui permettent de contrôler son pouvoir. Il est dépassé par son pouvoir, et finit par disparaître avec Akira et les autres sujets d'expériences. Les dégâts infligés à la ville à la suite de cette disparition sont considérables : inondations, immeubles écroulés…
