Ghost in the Shell est un manga futuriste, de type cyberpunk, se déroulant aux alentours des années 2030.

Le personnage principal est un cyborg1 de sexe féminin, le major Motoko Kusanagi. Kusanagi fait partie d’une section d’élite anticriminelle de la police, la section 9.

La trame principale du manga, ainsi que du film adapté du manga, raconte la traque d’un cybercriminel connu sous le nom du « Marionnettiste » (le Puppet Master). Ce cybercriminel prend le contrôle de l’esprit (« ghost ») d’un humain par l’intermédiaire du Réseau numérique mondial, l'évolution d’Internet dans cet univers.

Alors que l’enquête progresse, la section 9 finit par découvrir que le criminel n’est pas une personne physique, mais une intelligence artificielle immatérielle, ayant acquis pour la première fois au monde une conscience.

Le désir du Marionnettiste, qui a réussi à s’incarner dans un corps androïde, est de se reproduire. Il ne souhaite pas se dupliquer comme un simple virus (toujours identique et donc vulnérable) mais bien donner naissance à une nouvelle forme de vie. C’est pourquoi il sollicite l'aide de Kusanagi pour fusionner leurs ghosts (l’équivalent de l’âme et de l’esprit) et, ainsi, créer un être nouveau et unique.